Чтобы попасть в заочный акселератор, нужно пройти онлайн-программу Преакселератор и получить рекомендации представителя ФРИИ. Программа заочного акселератора бесплатная — фонд не забирает долю в ИТ-компании. Минимальные требования для ИТ-компании те же, что и при подаче заявки в очный акселератор. В заочный акселератор попадают компании, которые подали заявку в очный акселератор, не прошли, но интересны ФРИИ и имеют шансы пройти в следующие наборы очной программы и получить инвестиции. Заочный акселератор призван повысить шансы компании пройти в очный акселератор. Первый заочный акселератор проходил в 2014 году. За время работы заочного акселератора в программе поучаствовало порядка 800 стартапов со всей России, в наборе может участвовать от 50 до 100 команд. В среднем на стартовое обучение приезжает 80-90 команд, из них на трекшен-программу (индивидуальную работу с трекером) проходят 60 команд. В каждом наборе есть несколько городов, в которых участники заочного акселератора встречаются очно с трекером, в остальных трекшен-митинги проходят по скайпу. На момент октября 2016 прошло 15 наборов заочного акселератора. За время работы в программе поучаствовало 500 ИТ-стартапов.